Государственное учреждение «Морская администрация порта Санкт-Петербург», выполняющее управленческие функции некоммерческого характера, была создана на базе не подлежащего приватизации имущества Ленинградского морского торгового порта в соответствии с Приказом Департамента морского транспорта Министерства транспорта Российской Федерации от 31 мая 1994 года № 40 «О создании Морской администрации порта Санкт-Петербург».